Kľúčovým rozdielom medzi bodovou mutáciou a chromozomálnou mutáciou je to, že bodová mutácia je mutácia malého rozsahu, v ktorej sa mení jeden pár báz sekvencie DNA alebo RNA, zatiaľ čo chromozomálna mutácia je mutáciou veľkého rozsahu, v ktorej sa mení štruktúra chromozómu.
Mutácia je zmena alebo zmena v nukleotidovej sekvencii DNA alebo RNA. Mutácie sú hlavnou príčinou genetickej variability medzi organizmami. Mutácie sa vyskytujú v somatických bunkách aj v bunkách zárodočnej línie. Niektoré mutácie zdedí ďalšia generácia, zatiaľ čo iné sa nededia. Somatické mutácie ovplyvňujú súčasný organizmus, zatiaľ čo zárodočné mutácie sa prenášajú do ďalšej generácie. Bodová mutácia a chromozomálna mutácia sú dva bežné typy mutácií. Bodové mutácie sú najjednoduchším typom mutácií, ktoré vznikajú v dôsledku zmeny jedného základného páru. Na druhej strane, chromozomálne mutácie sú zmeny vo veľkom rozsahu, v ktorých sa v organizme mení štruktúra alebo počet chromozómov.