Kľúčový rozdiel medzi HPLC a GC spočíva v tom, že HPLC používa pevnú stacionárnu fázu a kvapalnú mobilnú fázu, zatiaľ čo GC používa kvapalnú stacionárnu fázu a plynnú mobilnú fázu.
HPLC a GC sú obidve metódy separácie zlúčenín zo zmesi. Zatiaľ čo HPLC označuje vysokotlakovú kvapalinovú chromatografiu, GC je jednoducho plynová chromatografia. HPLC sa teda vzťahuje na zložky, ktoré sú tekutinami, ale GC je užitočné, keď sú zlúčeniny plynné alebo zlúčeniny, ktoré počas procesu separácie prechádzajú odparovaním. Oba však majú rovnaký základný princíp ťažkých molekúl prúdiacich pomalšie ako ľahšie.
