Kľúčový rozdiel medzi RP HPLC a HIC je ten, že RP HPLC používa polárnejšiu mobilnú fázu a menej polárnu stacionárnu fázu. Zatiaľ čo HIC používa hydrofóbnu stacionárnu fázu, ktorá umožňuje hydrofóbnym molekulám pripojiť sa k nej.
Chromatografia je analytická technika, ktorá pomáha rozdeliť zmes na jej zložky. Najskôr musíme rozpustiť vzorku, ktorá sa má rozdeliť, do roztoku. Táto zmes roztok-látka sa nazýva mobilná fáza. Potom sa mobilná fáza nechá prejsť ďalším materiálom, ktorý sa nazýva stacionárna fáza. Stacionárna fáza určuje oddelenie zložiek. K separácii dochádza v dôsledku rozdelenia materiálu medzi mobilnú fázu a stacionárnu fázu.