Kľúčový rozdiel medzi izopentánom a neopentánom je v tom, že izopentán obsahuje štvorčlenný uhlíkový reťazec s jednou metylovou skupinou pripojenou k tomuto reťazcu na druhom atóme uhlíka reťazca, zatiaľ čo neopentán obsahuje jedno uhlíkové centrum spojené so štyrmi metylovými skupinami.
Izopentán a neopentán sú navzájom štruktúrne izoméry. Preto majú obidve tieto zlúčeniny rovnaký chemický vzorec; C 5 H 12. Avšak kvôli rozdielu medzi izopentánom a neopentánom v ich chemických štruktúrach majú odlišné chemické a fyzikálne vlastnosti. Ďalším pozoruhodným rozdielom medzi izopentánom a neopentánom je, že izopentán existuje ako bezfarebná kvapalina, zatiaľ čo neopentán je bezfarebný plyn pri štandardnej teplote a tlaku.
