Kľúčovým rozdielom medzi inzerčným a náhradným vektorom je to, že inzerčný vektor má schopnosť vložiť mierne dĺžky cudzej DNA, zatiaľ čo náhradný vektor má schopnosť prispôsobiť sa väčšej dĺžke cudzej DNA.
Fágové vektory sú bakteriofágy používané na klonovanie. Existujú dva typy fágových vektorov; sú to vkladací vektor a náhradný vektor. Všetky fágové vektory tiež pozostávajú z neesenciálnych génov. Tieto gény však musia byť z fágov odstránené, aby sa uľahčili nové vloženia cudzej DNA.