Kľúčový rozdiel medzi Punnettovým štvorcom a rodokmeňom je v tom, že Punnettov štvorček zobrazuje všetky možné genotypy, ktoré sa dajú dediť z dvoch rodičovských genotypov, zatiaľ čo rodokmeň predstavuje rodinnú históriu konkrétnej vlastnosti, najmä dedičnosť génu.
Punnettov štvorec a rodokmeň sú dva typy nástrojov, ktoré pomáhajú určiť pravdepodobnosť dedičnosti génov. Oba ukazujú pravdepodobnosť dedenia konkrétnej vlastnosti po potomkoch. Inými slovami, obidve predpovedajú vzory dedenia v rodinných líniách. Preto môžu pomôcť určiť riziko dedičnej choroby u dieťaťa. Punnettov štvorec je jednoducho grafický spôsob zobrazenia všetkých možných genotypov, ktoré sa môžu vyskytnúť u detí od dvoch rodičov.
