Kľúčovým rozdielom medzi zooidogamiou a siphonogamiou je to, že zooidogamia je stav, pri ktorom mužské pohlavné bunky plávajú vo vode, aby dosiahli svoje ženské pohlavné bunky, zatiaľ čo sifonogamia je stav, pri ktorom sú vyvinuté peľové trubice na prenos mužských pohlavných buniek k ženským pohlavným bunkám.
Pohlavné rozmnožovanie prebieha rôznymi spôsobmi medzi rôznymi skupinami rastlín. Aby sa dokončilo oplodnenie, mali by sa mužské gaméty dostať do ženských gamét. Zooidogamia a sifonogamia sú dva spôsoby, ktoré vysvetľujú, ako mužské pohlavné bunky cestujú k ženským pohlavným bunkám. V zooidogamii mužské pohlavné bunky plávajú smerom k ženským pohlavným bunkám, zatiaľ čo v sifonogamii mužské pohlavné bunky cestujú peľovou trubicou smerom k ženským pohlavným bunkám. Napríklad riasy, machorasty, pteridofyty a niektoré gymnospermy vykazujú zooidogamiu, zatiaľ čo semenné rastliny vykazujú sifonogamiu.
