Kľúčový rozdiel medzi mutagénom a teratogénom je v tom, že mutagén je látka alebo látka, ktorá spôsobuje zmenu sekvencie DNA jednotlivca, zatiaľ čo teratogén je látka, ktorá počas tehotenstva poškodzuje plod alebo vyvíjajúce sa embryo.
Mutagény a teratogény sú zvyčajne chemické látky. Fyzikálne a biologické látky však môžu pôsobiť aj ako mutagén alebo teratogén. Obe tieto skutočnosti môžu u jednotlivcov viesť k veľmi škodlivým alebo smrteľným účinkom. Zlepšenie biotechnológie však prinieslo nové poznatky o koncepciách mutagénov aj teratogénov.