Kľúčovým rozdielom medzi kongenérom a izomérom je, že sa kongenér vzťahuje na chemické zlúčeniny, ktoré majú podobné štruktúry a podobné vlastnosti. Medzitým sa izomérom označujú molekuly, ktoré majú rovnaký chemický vzorec, ale rozdielne štruktúry.
Pojmy kongener a izomér označujú skupiny zlúčenín, ktoré sú zoskupené podľa ich podobnosti. Pojem kongener môže mať rôzne definície, ale v chémii väčšinou používame definíciu, podľa ktorej sú kongenéry chemické zlúčeniny majúce podobné štruktúry a podobné vlastnosti. Na druhej strane izoméry sú zlúčeniny, ktoré majú rôzne štruktúry, ale podobné atómové zloženie; teda majú tiež odlišné vlastnosti.
