Kľúčový rozdiel medzi FISH a CGH spočíva v tom, že FISH je molekulárna technika, ktorá deteguje špecifickú sekvenciu DNA na chromozóme pomocou fluorescenčne označených sond, zatiaľ čo CGH je ďalšou molekulárnou cytogenetickou technikou, ktorá deteguje zmeny v genómovej DNA.
Cytogenetická analýza hrá v medicíne dôležitú úlohu pri detekcii chromozomálnych abnormalít, ako sú aneuploidie, delécie, duplikácie a preusporiadania atď. Chromozomálne abnormality nakoniec vedú k genetickým chorobám, ako je rakovina, neplodnosť, Downov syndróm, Klinefelterov syndróm, Turnerov syndróm, leukémia atď. Na detekciu vyššie uvedených defektov a chorôb existujú rôzne molekulárne cytogenetické metódy. Medzi nimi sú dve silné hybridizačné techniky FISH (fluorescenčná in situ hybridizácia) a CGH (komparatívna genómová hybridizácia). Obe metódy však majú svoje plusy aj mínusy.
