Kľúčovým rozdielom medzi mäkkýšmi a článkonožcami je, že mäkkýše sú mäkkýšmi bezstavovcami s jednou alebo dvoma schránkami, zatiaľ čo článkonožce sú zvieratá so segmentovanými telami, párovými príveskami a exoskeletom.
Kmeň Mollusca a Kmeň Arthropoda sú dva hlavné kmene stavovcov, ktoré zahŕňajú najvyšší počet druhových diverzít ako ktorýkoľvek kmeň živočíšneho pôvodu. Pre túto obrovskú rozmanitosť je ťažké ľudí zaradiť medzi správne fyly. Tento článok teda analyzuje anatómiu každého z nich a identifikuje štrukturálne znaky, aby pomohol identifikovať rozdiel medzi mäkkýšmi a článkonožcami.