Kľúčový rozdiel medzi mäkkýšmi a ostnokožcami závisí od biotopov organizmov patriacich do týchto dvoch tried. Mäkkýše žijú v suchozemskom aj vodnom prostredí, zatiaľ čo ostnokožce žijú striktne v morskom prostredí.
Kmeň Mollusca a Kmeň Echinodermata patria do ríše Animalia. Z hľadiska morfologických, fyziologických a behaviorálnych charakteristík existuje medzi mäkkýšmi a ostnokožcami. Mäkkýše aj ostnokožce sú však triploblastické a majú kompletný tráviaci systém. Biológovia a taxonomovia študujú charakteristiky organizmov každého kmeňa, aby mohli organizmy efektívne kategorizovať.
