Kľúčový rozdiel medzi metagenomikou a metatranskriptomikami závisí od typu biomolekúl študovaných v každej oblasti. Metagenomika skúma DNA, jej sekvencie a jej správanie v organizmoch, zatiaľ čo metatranskriptikum skúma transkribovanú DNA, hlavne sekvencie mRNA a jej správanie v organizmoch.
Metagenomika a metatranskriptomika sú dve oblasti, ktoré si v priebehu rokov získali veľkú obľubu vo vzťahu k mikrobiálnej komunite. Sú dôležité v zdravotníctve, priemysle a poľnohospodárskej biotechnológii. Metagenomika aj metatranskriptomika umožňujú štúdium jednotlivých organizmov v komunite a ich funkčných rolí, ktoré sú prospešné alebo škodlivé.