Kľúčovým rozdielom medzi chromatínom a chromozómami je, že chromatín je nerozmotaná a nerozložená DNA, ktorá existuje ako komplex DNA a histónových proteínov, zatiaľ čo chromozómy obsahujú najvyššiu kondenzovanú štruktúru dvojitej špirály DNA na správne oddelenie genetického materiálu medzi dcérskymi bunkami.
Chromatín a chromozóm sú dve kategórie štruktúr dvojitej špirály DNA, ktoré sú prítomné v rôznych štádiách bunky. Je nevyhnutné zabaliť celú DNA, ktorá uchováva genetické informácie bunky, do eukaryotického jadra. Preto je chromatín obvyklou formou zabalenej DNA v bunke. Na druhej strane sú chromozómy najdôležitejšou štruktúrou v bunke počas bunkového delenia a obsahujú genetický materiál vo forme DNA. Je to tak preto, lebo sú zodpovední za prenos dedičných informácií z jednej generácie na druhú. Existujú dva typy chromozómov ako autozómy a pohlavné chromozómy. Pohlavné chromozómy sú dôležité pri určovaní pohlavia, zatiaľ čo autozómy určujú ďalšie vlastnosti. Spravidla sa chromozómy objavujú počas metafázy bunkového delenia.