Kľúčovým rozdielom medzi molekulou a atómom je to, že molekula je kombináciou dvoch alebo viacerých atómov prostredníctvom chemickej väzby, zatiaľ čo atóm je jednotlivý chemický druh, ktorý sa môže navzájom kombinovať a vytvárať molekuly a ióny.
Celá hmota na svete sa skladá z atómov a molekúl, a preto ich môžeme považovať za stavebné kamene všetkého na tejto planéte, vrátane nás. Laicky povedané, môžeme povedať, že najzákladnejšou a zároveň najmenšou jednotkou zo všetkých chemických prvkov je atóm. Chemický prvok je druh atómov. Napríklad najmenšia jednotka plynného kyslíka je atóm kyslíka; môžeme ho reprezentovať písmenom O. Tento atóm kyslíka však neexistuje nezávisle a stabilizuje sa až vtedy, keď sa chemicky spojí s iným atómom kyslíka. Potom sa z nej stane molekula a môžeme ju reprezentovať chemickým vzorcom O 2.
