Kľúčovým rozdielom medzi gélovou filtráciou a gélovou permeačnou chromatografiou je to, že mobilnou fázou gélovej filtračnej chromatografie je vodný roztok, zatiaľ čo mobilnou fázou gélovej permeačnej chromatografie je organické rozpúšťadlo.
Gélová filtrácia aj gélová permeačná chromatografia spadajú do kategórie vylučovacej chromatografie, v ktorej môžeme separovať molekuly v roztoku v závislosti od ich veľkosti. To znamená, že niekedy môžeme molekuly rozdeliť podľa ich molekulových hmotností. Zvyčajne tieto techniky používame na separáciu komplexných molekúl, ako sú proteíny, a v priemyselnom meradle na separáciu polymérnych materiálov. Hlavný rozdiel medzi gélovou filtráciou a gélovou permeačnou chromatografiou je v mobilnej fáze, ktorú používame v každej technike.
