Kľúčovým rozdielom medzi apomorfiou a plesiomorfiou je to, že apomorfia sa týka charakteristiky, ktorá je vlastná clade a nachádza sa u všetkých potomkov konkrétnej kladu, zatiaľ čo plesiomorfia sa týka charakteristiky, ktorá je v clade prítomná, ale nemusí byť prítomná v klade. všetci členovia kladu.
Vo fylogenetike je kladistika oblasťou, ktorá klasifikuje organizmy na subtypy alebo skupiny na základe charakteristík, ktoré dedia predkovia. Je to veľmi spoľahlivá forma štúdia, ktorá pomáha analyzovať evolučné a fylogenetické vzťahy. Na opis charakteristík každej kladu je možné použiť inú terminológiu, ako je apomorfia, plesiomorfia, autapomorfia, synapomorfia a homoplazma, atď. Medzi nimi sú relatívne zastúpené aj apomorfia a plesiomorfia. V týchto štúdiách je počítačový softvér skutočne užitočný na štúdium charakteristík a vlastností Apomorphy a Plesiomorphy.
