Kľúčovým rozdielom medzi epistázou a pleiotropiou je, že epistáza je jav, pri ktorom jeden gén na jednom mieste mení fenotypovú expresiu génu na inom mieste, zatiaľ čo pleiotropia vysvetľuje jav, pri ktorom jeden gén ovplyvňuje viac fenotypových znakov.
Epistáza a pleiotropia sú dva fenomény v genetike. Epistáza nastáva, keď jeden fenotyp určuje viac ako jeden gén. Preto v epistáze jeden gén ovplyvňuje expresiu iného génu umiestneného na inom mieste. Na rozdiel od toho, pleiotropia nastáva, keď jeden gén určuje viac fenotypov. Jeden gén teda prispieva k mnohým charakteristikám. Epistáza aj pleiotropia sú variáciami Mendelianovej dedičnosti.
