Kľúčový rozdiel medzi kvartérnym amóniom a amoniakom je v tom, že kvartérna molekula amoniaku má centrálny atóm dusíka viazaný na štyri alkylové skupiny, zatiaľ čo molekula amoniaku obsahuje jedno centrum dusíka viazané na tri atómy vodíka.
Kvartérne amónium je katión, ktorý je odvodený od normálnej molekuly amoniaku. Tu sú tri atómy vodíka molekuly amoniaku substituované podobnými alebo rôznymi alkylovými skupinami a na atóm dusíka je prostredníctvom samostatného elektrónového páru naviazaná ďalšia alkylová skupina.
