Kľúčovým rozdielom medzi synténiou a kolineárnosťou je, že synténia je fyzická ko-lokalizácia genetických lokusov na rovnakom chromozóme u druhov, zatiaľ čo kolinearita je fyzická ko-lokalizácia genetických lokusov na rovnakom chromozóme u rôznych druhov so zachovaním rovnakého poradia.
Synténia a kolinearita sú dva výrazy, ktoré sa v genomike používajú ako synonymá. Oba pojmy popisujú vzory génovej lokalizácie na chromozómoch u rôznych druhov. Tieto príbuzné usporiadania génov medzi taxónmi sú cennou informáciou pri odvodení spoločného pôvodu génov. Syntény označuje fyzickú spoločnú lokalizáciu genetických lokusov na rovnakom chromozóme druhov. Kollinearita sa týka fyzickej spoločnej lokalizácie genetických lokusov na rovnakom chromozóme u rôznych druhov pri zachovaní rovnakého poradia. Preto je to forma syntény.
