Kľúčový rozdiel medzi mitochondriami a kinetoplastmi je v tom, že mitochondrie sú organely eukaryotických buniek, ktoré produkujú energiu (ATP). Medzitým je kinetoplast sieťou cirkulárnej DNA prítomnej vo veľkom mitochondriu, konkrétne v prvokoch triedy Kinetoplastea.
Eukaryotické bunky majú rôzne typy bunkových organel. Tieto rôzne organely vykonávajú rôzne funkcie v živej bunke. Z nich sú mitochondrie jednou z organel viazaných na membránu pozorovaných v eukaryotickej bunke. Sú to organely, ktoré sú zodpovedné za produkciu energie (vo forme ATP) v bunkách. Preto sa považujú za elektrárne bunky. Mitochondrie majú svoj vlastný genóm, ktorým je kruhová DNA zdedená po matke. Kinetoplast je sieť kruhovej DNA pozorovaná vo veľkej mitochondrii organizmov patriacich do triedy Kinetoplastida. Kinetoplasty sa preto vyskytujú iba v tejto eukaryotickej subdoméne.
