Kľúčový rozdiel medzi DMSO a MSM spočíva v tom, že DMSO je organická zlúčenina síry, ktorá existuje v kvapalnej fáze, zatiaľ čo MSM je organická zlúčenina síry, ktorá existuje v tuhej fáze.
Výraz DMSO znamená dimetylsulfoxid, zatiaľ čo výraz MSM znamená metylsulfonylmetán. Obidve tieto látky sú organickými zlúčeninami síry. To znamená; tieto zlúčeniny majú atómy síry viazané na organické zlúčeniny. Hlavný rozdiel medzi DMSO a MSM spočíva vo fáze hmoty, v ktorej tieto zlúčeniny existujú pri izbovej teplote. Okrem tohto kľúčového rozdielu existujú aj niektoré ďalšie rozdiely.