Kľúčový rozdiel medzi maximálnou šetrnosťou a maximálnou pravdepodobnosťou závisí od metódy použitej pri vývoji fylogenetického stromu. Maximálna šetrnosť sa zameriava na minimalizáciu celkových stavov znakov počas stavby fylogenetického stromu, zatiaľ čo maximálna pravdepodobnosť je štatistický prístup pri kreslení fylogenetického stromu v závislosti od pravdepodobnosti medzi genetickými údajmi.
Fylogenéza je nový prístup ku klasifikácii a nomenklatúre organizmov. Fylogenéza sa spolieha na genetické údaje a evolučné vzťahy. Genetické údaje sú výsledkom sekvenovania DNA. Vo fylogenéze prebieha klasifikácia organizmov na základe spoločného predka. Maximálna šetrnosť a maximálna pravdepodobnosť fylogenetického vzťahu zvyšujú presnosť a spoľahlivosť fylogenetického stromu.
