Kľúčovým rozdielom medzi fenetikou a kladistikou je metóda použitá pri klasifikácii organizmov. Fenetika klasifikuje organizmy na základe morfologických a štrukturálnych znakov, zatiaľ čo kladistika klasifikuje organizmy na základe ich predkov a evolučných vzťahov.
Klasifikácia organizmov je dôležitým procesom v oblasti biodiverzity a biologických štúdií. Taxonómia uľahčuje klasifikáciu rôznych systémov a pomáha pri zoskupovaní a zoskupovaní organizmov. V tomto ohľade zohrávajú fenetika a kladistika dôležitú úlohu pri budovaní vzťahov medzi organizmami.
