Kľúčovým rozdielom medzi hydrokrakovaním a hydrogenačnou rafináciou je, že hydrokrakovanie zahŕňa premenu vysokovriacich zložiek na nízkovriace zložky, zatiaľ čo hydrorafinácia zahŕňa odstránenie kyslíka a iných heteroatómov.
Hydrokrakovanie a hydrogenizácia sú užitočné procesy pri rafinácii ropného oleja. Tieto dva procesy spadajú do kategórie hydrogenačného spracovania. Okrem toho oba tieto procesy prebiehajú v prítomnosti plynného vodíka. Existuje však zreteľný rozdiel medzi hydrokrakovaním a hydrogenačným rafinovaním na základe princípu a mechanizmu.