Kľúčový rozdiel medzi E. coli a Pseudomonas aeruginosa spočíva v tom, že E. coli je fakultatívne anaeróbny bakteriálny druh, ktorý patrí do čeľade Enterobacteriaceae a rodu Escherichia, zatiaľ čo P. aeruginosa je aeróbny bakteriálny druh, ktorý patrí do čeľade Pseudomonadadaceae a rodu Pseudomonas.
E. coli aj Pseudomonas aeruginosa sú gramnegatívne baktérie v tvare tyčinky a pohyblivé baktérie. Ďalej sú to zapuzdrené baktérie. Ale E. coli je druh rodu Escherichia, zatiaľ čo P. aeruginosa je druh rodu Pseudomonas.
