Kľúčovým rozdielom medzi protónom a elektrónom je to, že protón je subatomárna častica nachádzajúca sa v jadre atómu, zatiaľ čo elektróny sú častice obiehajúce okolo jadra.
Atómy sú stavebnými kameňmi všetkých existujúcich látok. Atóm obsahuje jadro, ktoré má protóny a neutróny. Elektróny krúžia okolo jadra na orbitáloch. Okrem toho sú v jadre ďalšie malé subatomárne častice. Väčšina priestoru v atóme je prázdna. Atraktívne sily medzi kladne nabitým jadrom (kladný náboj v dôsledku protónov) a záporne nabitými elektrónmi udržiavajú tvar atómu.
