Kľúčový rozdiel medzi ektomykorízami a endomykorízami je ten, že plesňové hyfy nepreniknú do kortikálnych buniek koreňov rastlín v ektomykorízach, zatiaľ čo plesňové hyfy preniknú do kortikálnych buniek koreňov rastlín v endomykorízach.
Mykorhízy sú dôležitý symbiotický vzťah, ktorý sa vyskytuje medzi hubami a koreňmi vyšších rastlín. Z tohto združenia majú výhody ako huby, tak aj rastliny. Plesňové hyfy prenikajú do pôdy a dodávajú rastlinám živiny, zatiaľ čo rastliny tiež poskytujú výhody hubám. Ide teda o ekologicky dôležitý vzťah. Najdôležitejšie je, že huby húb môžu rásť niekoľko metrov a prenášať vodu a živiny, najmä dusík, fosfor, draslík do koreňov. Mykorhízna asociácia navyše chráni rastlinu pred koreňovými patogénmi. Preto je pravdepodobné, že príznaky nedostatku živín sa vyskytnú u rastlín, ktoré sú v týchto symbiotických asociáciách. Existujú dva typy mykoríz, ako sú ektomykorízie a endomykorízie.
