Kľúčový rozdiel medzi prokaryotickou a eukaryotickou DNA spočíva v tom, že prokaryotická DNA voľne pláva v cytoplazme, zatiaľ čo eukaryotická DNA sa nachádza vo vnútri jadra.
Existujú dve hlavné kategórie živých organizmov, ako sú prokaryoty a eukaryoty. Líšia sa od seba svojou bunkovou organizáciou. Podľa toho majú prokaryoty jednoduchú bunkovú organizáciu. Chýba im jadro a na membránu viazané organely. Na druhej strane, eukaryoty majú zložitú bunkovú organizáciu. Majú skutočné jadro, ktoré obsahuje DNA, a tiež bunkové organely viazané na membránu. Všetky prokaryoty sú jednobunkové, zatiaľ čo eukaryoty môžu byť jednobunkové alebo mnohobunkové organizmy. Prokaryoty a eukaryoty obsahujú hlavne genómy DNA. Ich DNA je zabalená do chromozómov. Pretože prokaryoty nemajú jadro, ich DNA voľne pláva v cytoplazme. U eukaryotov sa však chromozómy nachádzajú vo vnútri jadra. Jadrová membrána teda obklopuje všetku eukaryotickú DNA.
