Kľúčovým rozdielom medzi prokaryotickou a eukaryotickou topoizomerázou je bunkový pôvod topoizomerázy. Prokaryotické topoizomerázy sú prítomné v bunkách prokaryotického bunkového pôvodu, zatiaľ čo eukaryotické topoizomerázy sú prítomné v organizmoch s eukaryotickým bunkovým pôvodom. Ďalej sa líšia aj v distribúcii. Prokaryotické topoizomerázy sú prítomné v cytoplazme bunky, zatiaľ čo eukaryotické topoizomerázy sú distribuované v jadre.
Izomeráza je skupina enzýmov, ktoré katalyzujú štrukturálne usporiadanie molekúl. Topoizomeráza je jeden typ izomeráz. Upravuje topológiu molekuly DNA reguláciou nadzávitnice DNA. Rozrezáva a znovu uzatvára jeden alebo obidva reťazce duplexu DNA. Preto je DNA schopná podstúpiť replikáciu, transkripciu, opravu a chromozomálnu segregáciu. Existujú dva typy topoizomeráz, a to topoizomeráza I a II.
