Kľúčovým rozdielom medzi zooplanktónom a fytoplanktónom je, že zooplanktón je heterotrofný nefotosyntetizujúci planktón, ktorý je buď prvokom alebo zvieraťom, zatiaľ čo fytoplanktónom je autotrofný fotosyntetický planktón, ktorý je buď rozsievkou, sinicami alebo riasami.
Planktóny sú malé organizmy, ktoré žijú a plávajú v oceánoch, moriach alebo sladkovodných útvaroch. Väčšina z nich je mikroskopická a sú dôležitým zdrojom potravy pre väčšie zvieratá. Existujú dva hlavné typy planktónov, a to zooplanktón a fytoplanktón. Zooplanktóny sú heterotrofné a zahŕňajú zvieratá, ktoré nie sú schopné fotosyntézy. Na druhej strane, fytoplanktón je fotosyntetický planktón, ktorý je autotrofný. Fytoplanktóny okrem toho ukladajú energiu prostredníctvom fotosyntézy a živí sa nimi zooplanktón a nektón (zvieratá veľkého tela, ktoré sa aktívne pohybujú vo vodnom stĺpci). Ľudia a iní predátori sa vo veľkom živia nektónom a niektorými väčšími zooplanktónmi. Ľudské činnosti, ako napríklad znečistenie životného prostredia, do značnej miery negatívne vplývajú na tento tok energie, ktorý vychádza z fytoplanktónu.
