Kľúčovým rozdielom medzi aktívnym transportom a pasívnym transportom je, že aktívny transport posúva molekuly z nízkej koncentrácie na vysokú koncentráciu proti koncentračnému gradientu cez semipermeabilnú membránu, zatiaľ čo pasívny transport posúva molekuly pozdĺž koncentračného gradientu z vysokej koncentrácie na nízku koncentráciu. Aktívny transport ďalej vyžaduje energiu pre molekulárne pohyby na rozdiel od pasívneho transportu, ktorý energiu nevyžaduje.
Aktívny a pasívny transport sú dva procesy, ktoré popisujú pohyby molekúl z jednej oblasti do druhej v dôsledku koncentračného gradientu. Koncentračný gradient je postupná zmena v koncentrácii častíc v roztoku medzi dvoma oblasťami a gradientu sa dosahuje pri nerovnomernom rozdelení iónov cez bunkovú membránu. Takže keď sú pohyby častíc proti koncentračnému gradientu, je to aktívny transport, a ak je to smerom ku koncentračnému gradientu, je to pasívny transport.