Kľúčový rozdiel medzi endopeptidázou a exopeptidázou je v tom, že endopeptidáza štiepi peptidové väzby v molekulách proteínu, zatiaľ čo exopeptidáza štiepi peptidové väzby na koncoch molekúl proteínu.
Proteíny sú dôležité makromolekuly, ktoré sú nevyhnutné pre väčšinu biochemických reakcií prebiehajúcich vo všetkých organizmoch. Rôzne aminokyseliny sa spájajú a tvoria tieto bielkoviny. Enzýmy ďalej katalyzujú hydrolýzu bielkovín späť na aminokyseliny. Sú to špecifické enzýmy, ktoré sa nazývajú proteázy alebo peptidázy. Preto majú schopnosť štiepiť peptidové reťazce bielkovín na aminokyseliny. Okrem toho môžu byť peptidázami endopeptidázy alebo exopeptidázy.
