Kľúčový rozdiel - sekvenovanie Exome vs RNA
Sekvenovanie nukleových kyselín je technika, ktorá určuje poradie nukleotidov v konkrétnom fragmente DNA alebo RNA organizmu. Poradie je dôležité pri identifikácii DNA a RNA zloženia bunky a rozlíšení určitých génov, ktoré kódujú funkčné proteíny; sekvenovanie sa teda môže použiť na pochopenie mutácií týchto génov a génovej expresie. Metóda Sangerovho sekvenovania alebo pokročilejšie metódy sekvenovania novej generácie sú metódy sekvenovania, ktoré sa bežne používajú. Sekvenovanie exómu je sekvenovanie kompletnej sady exónov alebo kódujúcich oblastí DNA prítomných v organizme, zatiaľ čo sekvenovanie RNA je postup sekvenovania ribonukleových kyselín (RNA). Toto je kľúčový rozdiel medzi sekvenovaním exómu a RNA.
OBSAH
1. Prehľad a kľúčový rozdiel
2. Čo je sekvenovanie Exome
3. Čo je sekvenovanie RNA
4. Podobnosti medzi sekvenciou Exome a RNA
5. Porovnanie vedľa seba - sekvenovanie Exome vs RNA v tabuľkovej forme
6. Zhrnutie
Čo je sekvenovanie Exome?
Exome je podskupina genómu, ktorú tvoria kódujúce gény konkrétneho organizmu. Kódujúce gény sú pomenované ako exóny a sú prepísané do mRNA a potom preložené do aminokyselinových sekvencií. Počas post transkripčných modifikácií mechanizmus spájania RNA u eukaryotov odstraňuje intróny (nekódujúce oblasti) a exóny zostávajú. Existujú dve hlavné techniky, pri ktorých sa sekvenovanie exome vykonáva: na základe riešenia a poľa.
V sekvenovaní exómov na báze roztoku sú vzorky DNA fragmentované pomocou reštrikčných enzýmov alebo mechanickou metódou a denaturované teplom. V tejto technike sa biotinylované oligonukleotidové sondy (návnady) používajú na selektívnu hybridizáciu s cieľovými oblasťami v genóme. Pre krok viazania sa používajú magnetické guľôčky streptavidínu. Po väzbe nasleduje premytie, pri ktorom sa odplavia nenaviazané a necielené sekvencie. Viazané ciele sa potom amplifikujú pomocou polymerázovej reťazovej reakcie (PCR) a potom sa sekvenujú pomocou techniky Sangerovho sekvenovania alebo sekvenovania ďalšej generácie.
Obrázok 01: Exome sekvenovanie
Metóda založená na poli je tiež podobná metóde založená na roztoku, až na to, že fragmenty DNA sa zachytia do mikrometrie a potom nasledujú sekvencie väzby a premytia.
Exome sekvenovanie sa používa v mnohých aplikáciách, ako je genetická diagnostika chorôb, v génovej terapii, pri identifikácii nových genetických markerov, v poľnohospodárstve na identifikáciu rôznych prospešných agronomických znakov a v postupoch šľachtenia rastlín.
Čo je sekvenovanie RNA?
Sekvenovanie RNA je založené na transkriptóme, ktorý je úplným prepisom bunky. Kľúčovými cieľmi sekvenovania RNA je katalogizácia všetkých druhov transkriptu vrátane mRNA, nekódujúcej RNA a malej RNA, stanovenie transkripčnej štruktúry génov a kvantifikácia úrovní expresie každého transkriptu počas vývoja. Počas sekvenovania RNA sa na sekvenovanie pôvodne použili hybridizačné technológie (ktorými boli komplementárna DNA odvodená od zrelých sekvencií mRNA). V súčasnosti sa na sekvenovanie RNA používa presnejšia a pokročilejšia technika kladenia.
Obrázok 02: Sekvenovanie RNA
Pri sekvenovaní RNA sa vzorka RNA, ktorou môže byť celková RNA alebo frakcionovaná RNA, pomocou reverznej transkripcie prevedie na svoju komplementárnu DNA (cDNA) a pripraví sa knižnica cDNA. Každý fragment cDNA je pripojený k adaptérom na oboch stranách (sekvenovanie na párových koncoch) alebo na jednej strane (sekvenovanie na jednom konci). Tieto označené sekvencie sa sekvenujú pomocou Sangerovho sekvenovania alebo ďalšej generácie, ako je napríklad sekvenovanie exome.
Aké sú podobnosti medzi sekvenciou Exome a RNA?
- Krátko vybrané fragmenty alebo celá sada DNA / RNA sa môže použiť na sekvenovanie Exome alebo RNA.
- Sekvenované fragmenty sa uchovávajú v knižniciach.
- Môže sa použiť Sangerovo sekvenovanie alebo sekvenovanie novej generácie.
- Obidve sú in vitro sekvenčné metódy.
- Sekvenované fragmenty sa môžu určiť pomocou fluorescenčných značiek.
Aký je rozdiel medzi sekvenovaním Exome a RNA?
Rozdielny článok v strede pred tabuľkou
Exome vs RNA sekvenovanie |
|
| Sekvenovanie exómu je sekvenovanie kompletnej sady exónov alebo kódujúcich oblastí DNA prítomných v organizme. | Sekvenovanie RNA označuje postup sekvenovania ribonukleových kyselín (RNA); prepis. |
| Počiatočná vzorka | |
| Genomická DNA je východiskovou vzorkou sekvenovania exomu. | RNA je východiskovou vzorkou sekvenovania RNA. |
| Zloženie | |
| Tento obsahuje iba kódujúce oblasti z celkovej DNA známej ako Exons | Toto obsahuje RNA-mRNA / transkriptom. |
| Postupnosť | |
| Existujú dve hlavné metódy sekvenovania exome; technológie založené na riešeniach a poliach. | Sekvenovanie RNA sa uskutočňuje prípravou cDNA knižnice extrakciou celkovej RNA alebo fragmentovanej RNA. |
Zhrnutie - sekvenovanie Exome vs RNA
Exome je úplná sada kódujúcich oblastí organizmu a techniky používané na stanovenie presného nukleotidového poradia Exome sú známe ako sekvenovanie exome. Sekvenovanie RNA je technika používaná na stanovenie nukleotidového poradia RNA v organizme. To je rozdiel medzi exómom a sekvenovaním RNA.
Stiahnite si PDF verziu sekvenovania Exome vs RNA
Môžete si stiahnuť verziu tohto článku vo formáte PDF a použiť ho na offline účely podľa citačnej poznámky. Tu si stiahnite verziu PDF. Rozdiel medzi sekvenovaním Exome a RNA
