Kľúčový rozdiel medzi anammoxom a denitrifikáciou spočíva v tom, že anammox sa týka anaeróbnej oxidácie amónia, ktorá za anoxických podmienok premieňa amoniak a dusitany na plynný dusík. Zatiaľ čo denitrifikáciou je biologická transformácia dusičnanu na N 2 denitrifikačnými baktériami.
Cyklus dusíka je dôležitým bio-geo cyklus, v ktorom je atóm dusíka prevedie na rôznych chemických formách, ako je NH 3, NH 4 +, NO 2 -, NO 3 -atď. V cykle dusíka sú vidieť štyri hlavné procesy. Sú to fixácia, amoniakácia, nitrifikácia a denitrifikácia. Mnohé z týchto procesov sa uskutočňujú pomocou mikroorganizmov, najmä baktérií prítomných v pôde. Anammox je jedným z posledných prírastkov dusíkatého cyklu. Je to proces anaeróbnej oxidácie amónneho. Tento proces vykonáva špecifická skupina baktérií známa ako planctomycetes. Majú špeciálnu organelu nazývanú anammoxozómy, ktoré poskytujú miesto pre anammoxovú reakciu. Nakoniec však denitrifikácia aj anammox produkujú plynný dusík.
