Kľúčovým rozdielom medzi hematoencefalickou bariérou a hematoencefalickou bariérou je to, že hematoencefalická bariéra je bariéra, ktorá oddeľuje krvné tkanivo a mozgové tkanivo, zatiaľ čo hematoencefalická bariéra je funkčná bariéra, ktorá oddeľuje krvné tkanivo a mozgovomiechový mok.
Krvná mozgová bariéra a krvná CSF bariéra sú dve ochranné bariéry v mozgu. Sú tiež dôležité pri transporte molekúl cez mozog a tkanivá periférnej krvi. Okrem toho majú obe bariéry pevné spojenia, ktoré uľahčujú prenos netoxických zlúčenín do mozgu.