Kľúčovým rozdielom medzi fotobiontom a mykobiontom je, že fotobiont označuje fotosyntetickú zložku lišajníka, ktorou je zelená riasa alebo sinica, zatiaľ čo mykobiont označuje plesňovú zložku lišajníka, ktorou sú hlavne askomycete alebo bazidiomycete.
Medzi živými organizmami existujú rôzne druhy symbiotických vzťahov. Symbiotický vzťah je združenie, v ktorom žijú dva rôzne druhy organizmov. Parazitizmus, mutualizmus a komenzalizmus sú navyše tri typy symbiotických vzťahov. Mutualizmus je prospešný pre obe strany. Lišajník je taký druh mutualistického združenia, ktoré existuje medzi riasami / sinicami a hubami. V tomto združení je jedna strana zodpovedná za výrobu potravín fotosyntézou, zatiaľ čo druhá strana je zodpovedná za absorpciu vody a poskytovanie prístrešia. Na základe toho je riasa / sinica známa ako fotobiont, ktorý vykonáva fotosyntézu, zatiaľ čo huba je známa ako mykobiont, ktorý poskytuje úkryt a absorbuje vodu.
