Kľúčovým rozdielom medzi motívom a doménou je, že motív nie je nezávisle stabilný, zatiaľ čo doména je nezávisle stabilná.
Proteíny sú dôležité biologické makromolekuly prítomné v našom tele. Na druhej strane, o aminokyselinovej sekvencii proteínu rozhodne genetický kód génu. Okrem toho majú proteíny primárne, sekundárne a terciárne štruktúry. Primárna štruktúra je aminokyselinová sekvencia polypeptidového reťazca. Keď sa polypeptidové reťazce skladajú navzájom, vytvára sekundárnu štruktúru proteínu. K sekundárnym štruktúram patria alfa helixy, beta pláty a super-sekundárne štruktúry. Určité zoskupenia super-sekundárnych prvkov sú známe ako proteínové motívy. Terciárna štruktúra proteínu sa týka jeho trojrozmernej štruktúry, ktorá rozhoduje o funkcii proteínu. Doména je zložená časť molekuly proteínu, ktorá je globulárna a má diskrétnu funkciu. Je to základná funkčná a trojrozmerná štruktúra proteínu.
