Kľúčový rozdiel - RAPD vs RFLP
Genetické markery sa používajú v molekulárnej biológii na identifikáciu genetických variácií medzi jednotlivcami a druhmi. Náhodná amplifikovaná polymorfná DNA (RAPD) a polymorfizmus dĺžky reštrikčných fragmentov (RFLP) sú dva dôležité molekulárne markery, ktoré sa bežne používajú v laboratóriách. RAPD sa uskutočňuje s krátkymi a ľubovoľnými oligonukleotidovými primérmi a je založená na náhodnej amplifikácii viacerých miest v templátovej DNA organizmu. RFLP sa uskutočňuje so špecifickou reštrikčnou endonukleázou a je založená na polymorfizme získaných reštrikčných fragmentov a hybridizácii. Kľúčový rozdiel medzi RAPL a RFLP spočíva v tom, že RAPD je typ techniky PCR uskutočňovanej bez predchádzajúcej znalosti sekvencie, zatiaľ čo RFLP nie je zapojená do PCR a vyžaduje na uskutočnenie tejto techniky predchádzajúcu znalosť sekvencie.
OBSAH
1. Prehľad a kľúčový rozdiel
2. Čo je to RAPD
3. Čo je to RFLP
4. Porovnanie vedľa seba - RAPD vs RFLP
5. Zhrnutie
Čo je to RAPD?
RAPD je užitočný molekulárny marker v molekulárnej biológii. Je to rýchla a ľahká technika. RAPD možno definovať ako metódu, ktorej výsledkom sú polymorfné sekvencie DNA ako výsledok náhodnej amplifikácie viacerých miest cieľového templátu DNA. RAPD používa na amplifikáciu PCR krátke oligonukleotidové priméry s ľubovoľnými sekvenciami. Priméry sa syntetizujú umelo bez predchádzajúcej znalosti sekvencie. Považuje sa to preto za ľahkú a užitočnú techniku.
Nasledujúce hlavné kroky zahŕňajú RAPD.
- Extrakcia cieľovej DNA
- Amplifikácia viacerých miest cieľovej DNA pomocou náhodne vybraných primerov
- Gélová elektroforéza amplifikovaných produktov PCR
- Farbenie etídiumbromidom a identifikácia polymorfizmu
V dôsledku zmeny v hybridizácii priméru sa počas amplifikácie vytvárajú rôzne fragmenty s rôznymi dĺžkami. Preto sú pruhy na géloch medzi jednotlivcami a druhmi odlišné. RAPD teda umožňuje detekciu genetickej variácie medzi organizmami pri identifikácii a diferenciácii.
RAPD sa uplatňuje v rôznych štúdiách molekulárnej biológie, ako je identifikácia genetického rozdielu medzi úzko príbuznými druhmi, mapovanie génov, odtlačky prstov DNA, identifikácia dedičných chorôb atď.
Obrázok 01: RAPD
Čo je to RFLP?
Polymorfizmy s obmedzenou dĺžkou fragmentov (RFLP) sú molekulárne markery používané v molekulárnej biológii na identifikáciu genetických variácií v homológnych DNA sekvenciách. Je to prvý genetický marker vyvinutý pre DNA odtlačky prstov. Všetky organizmy vytvárajú jedinečné profily DNA, ak sú obmedzené špecifickými reštrikčnými enzýmami. RFLP slúži ako dôležitý nástroj pri vytváraní jedinečných profilov DNA jednotlivcov a zisťovaní genetických variácií medzi nimi. Keď sú vzorky DNA natrávené špecifickými reštrikčnými endonukleázami, vedie to k rôznym profilom DNA, ktoré sú pre každého jedinca jedinečné. Preto je podstatou tejto metódy detekcia genetických variácií medzi organizmami reštrikciou homológnej DNA pomocou špecifických reštrikčných enzýmov a analýza polymorfizmu dĺžky fragmentov gélovou elektroforézou a prenosom. Blotovacie vzorce sú pre každý organizmus jedinečné a charakterizujú špecifické genotypy.
Nasledujúce kroky sa týkajú RFLP.
- Izolácia dostatočného množstva DNA zo vzoriek
- Fragmentácia vzoriek DNA so špecifickými reštrikčnými endonukleázami na krátke sekvencie
- Separácia výsledných fragmentov s rôznymi dĺžkami elektroforézou na agarózovom géli.
- Prenos gélového profilu na membránu Southernovým prenosom
- Hybridizácia membrány značenými sondami a analýza polymorfizmu dĺžky fragmentov v každom profile
RFLP má rôzne aplikácie, ako je diagnostika dedičných chorôb, mapovanie genómov, identifikácia kriminality vo forenzných štúdiách, testovanie otcovstva atď.
Obrázok 02: Genotypizácia RFLP
Aký je rozdiel medzi RAPD a RFLP?
Rozdielny článok v strede pred tabuľkou
RAPD vs RFLP |
|
| RAPD je molekulárny marker založený na náhodných priméroch a PCR. | RFLP je molekulárny marker založený na produkcii reštrikčných fragmentov rôznej dĺžky. |
| Požadovaná vzorka | |
| Na analýzu RAPD stačia malé vzorky DNA. | Na analýzu RFLP je potrebné veľké množstvo extrahovanej vzorky DNA. |
| Čas | |
| RAPD je rýchly proces. | RFLP je časovo náročný proces. |
| Použitie základného náteru | |
| Používajú sa náhodné priméry a rovnaké priméry sa môžu použiť pre rôzne druhy. | Druhovo špecifické sondy sa používajú v RFLP na hybridizáciu. |
| Spoľahlivosť | |
| Spoľahlivosť techniky je v porovnaní s RFLP nižšia. | RFLP je spoľahlivá technika. |
| Blotovanie | |
| RAPD zahŕňa Southern blot. | Southern blot je jedným krokom RFLP. |
| Zistenie alelickej variácie | |
| Alelické variácie nemôžu byť detekované RAPD. | Alelické variácie je možné detegovať pomocou RFLP. |
| Potreba postupných znalostí | |
| RAPD nevyžaduje predchádzajúce znalosti sekvencie. | Pri navrhovaní sondy sú potrebné predchádzajúce znalosti sekvencie. |
| PCR | |
| PCR je zapojená do RAPD | PCR nie je zapojená do RFLP. |
| Reprodukovateľnosť | |
| RAPD má nízku reprodukovateľnosť | RFLP má v porovnaní s RAPD vysokú reprodukovateľnosť. |
Zhrnutie - RAPD vs RFLP
RAPD a RFLP sú dôležité markery používané v molekulárnej biológii. Obe metódy sú schopné detekovať genetické variácie medzi organizmami. RAPD sa vykonáva pomocou náhodných primérov. RFLP sa uskutočňuje pomocou špecifických reštrikčných enzýmov. Obidve metódy vytvárajú profily DNA jedinečné pre jednotlivé organizmy. RAPD zahŕňa porovnateľne málo krokov ako RFLP. Ale produkuje menej spoľahlivé a reprodukovateľné výsledky ako RFLP. Toto je hlavný rozdiel medzi RAPD a RFLP.
