Kľúčový rozdiel - AFLP vs RFLP
Štúdie DNA majú nesmierny význam pri porozumení a určovaní fylogenetických vzťahov, diagnostike genetických chorôb a mapovaní genómov organizmu. Na identifikáciu konkrétneho génu alebo sekvencie DNA v skupine neznámej DNA sa tiež používa niekoľko techník spojených s analýzou DNA. Sú známe ako molekulárne markery. Amplifikovaný polymorfizmus dĺžky fragmentov (AFLP) a polymorfizmus dĺžky restrikčných fragmentov (RFLP) sú dva také molekulárne markery (metódy) vyvinuté v molekulárnej biológii na detekciu genetických variácií medzi organizmami. Obidve metódy sú rovnako dôležité a majú výhody a nevýhody. Kľúčovým rozdielom medzi AFLP a RFLP je, že AFLP zahŕňa selektívnu PCR amplifikáciu natrávenej DNA, zatiaľ čo RFLP nezahŕňa selektívnu PCR amplifikáciu fragmentov DNA.
OBSAH
1. Prehľad a hlavný rozdiel
2. Čo je AFLP
3. Čo je RFLP
4. Porovnanie vedľa seba - AFLP vs RFLP
5. Zhrnutie
Čo je AFLP?
AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) je dôležitý nástroj v molekulárnej biológii a vo veľkej miere sa používa pri analýze genetických variácií. AFLP je založený na špecifickej amplifikácii PCR fragmentovanej genómovej DNA a detekcii polymorfizmu autorádiografmi pomocou gélovej elektroforézy. AFLP vo veľkej miere prispieva k identifikácii genetických rozdielov v kmeňoch alebo príbuzných druhoch rôznych kráľovstiev vrátane rastlín, zvierat, baktérií a húb. AFLP sa môže uskutočňovať s malým množstvom neznámych vzoriek DNA. Nevyžaduje predchádzajúce znalosti sekvencie a navrhovanie sond.
Kroky AFLP
- Izolácia DNA
- Trávenie DNA reštrikčnými endonukleázami
- Ligácia obmedzených fragmentov DNA pomocou adaptérov
- Selektívna amplifikácia fragmentov so špecifickými reštrikčnými miestami
- Separácia produktov PCR gélovou elektroforézou
- Vizualizácia gélovej matice autorádiografom
AFLP je citlivejšia a reprodukovateľnejšia metóda, ktorú je možné použiť na profilovanie DNA niekoľkých taxónov vrátane húb, baktérií, rastlín a živočíchov bez predchádzajúcej znalosti sekvencií DNA. Pomáha pri identifikácii miernych rozdielov medzi jednotlivcami v populáciách kvôli svojej veľmi citlivej povahe. AFLP je tiež dôležitý pri mapovaní genómu, forenzných štúdiách, rodičovských testoch, genotypizácii atď.
Obrázok 01: AFLP
Čo je to RFLP?
Polymorfizmy s dĺžkou restrikčných fragmentov (RFLP) je technika, ktorá sa používa na detekciu genetických variácií v homológnych DNA sekvenciách. Je to prvá metóda vyvinutá na profilovanie DNA. Organizmy majú jedinečné odtlačky prstov DNA alebo profily DNA. RFLP slúži ako dôležitý nástroj na analýzu variácií medzi profilmi DNA vnútrošpecifických alebo úzko príbuzných organizmov, pretože homológne sekvencie majú rôzne reštrikčné miesta (polohy), ktoré sú pre konkrétny organizmus jedinečné. Keď sa homológna DNA štiepi špecifickými reštrikčnými endonukleázami, bude to mať za následok odlišné profily DNA, ktoré sú pre každého jedinca jedinečné. Pretozákladom tejto metódy je detekcia genetických variácií medzi organizmami pomocou obmedzenia homológnej DNA so špecifickými reštrikčnými enzýmami a analýza polymorfizmu dĺžky fragmentov gélovou elektroforézou a prenosom. Blotovacie vzorce sú pre každý organizmus jedinečné a charakterizujú špecifické genotypy.
Kroky RFLP
- Izolácia dostatočného množstva DNA zo vzoriek
- Fragmentácia vzoriek DNA so špecifickými reštrikčnými endonukleázami na krátke sekvencie
- Separácia výsledných fragmentov s rôznymi dĺžkami elektroforézou na agarózovom géli.
- Prenos gélového profilu na membránu Southernovým prenosom
- Hybridizácia membrány značenými sondami a analýza polymorfizmu dĺžky fragmentov v každom profile
RFLP je veľmi dôležitá technika na zisťovanie dedičnosti chorôb a zisťovanie rizika výskytu choroby medzi členmi rodiny. RFLP sa tiež často používa pri mapovaní genómu, identifikácii zločincov pri súdnom lekárstve, testovaní otcovstva atď. RFLP má tiež niekoľko obmedzení. RFLP vyžaduje predbežné znalosti sekvenčných údajov na navrhnutie sond na hybridizáciu. Vyžaduje tiež izoláciu dostatočného množstva DNA zo vzorky na analýzu, čo je pri forenzných štúdiách náročné.
Obrázok 01: Mapovanie RRFLP
Aký je rozdiel medzi AFLP a RFLP?
Rozdielny článok v strede pred tabuľkou
ALFP vs RFLP |
|
| AFLP zahŕňa selektívnu PCR amplifikáciu natrávenej DNA. | RFLP nezahŕňa PCR, pokiaľ nejde o PCR-RFLP. |
| Poradie znalostí | |
| Predchádzajúce znalosti sekvencie sa nevyžadujú. | Pri navrhovaní sond RFLP sú potrebné predchádzajúce znalosti sekvencie. |
| Spoľahlivosť | |
| To je spoľahlivejšie. | To je v porovnaní s AFLP menej spoľahlivé. |
| Účinnosť pri detekcii polymorfizmu | |
| To má vyššiu účinnosť pri detekcii polymorfizmu ako RFLP. | To je v porovnaní s AFLP menej efektívne. |
| Náklady | |
| To je v porovnaní s RFLP trochu drahé. | To je v porovnaní s AFLP lacnejšie. |
| Aplikácie | |
| AFLP sa aplikovali na mapovanie genómu, odtlačky prstov DNA, štúdie genetickej diverzity, testovanie otcovstva a súdne lekárstvo | Analýza RFLP je dôležitým nástrojom pri mapovaní genómu, lokalizácii génov pre genetické poruchy, určovaní rizika chorôb a testovaní otcovstva. |
Zhrnutie - AFLP vs RFLP
AFLP a RFLP sú dve techniky používané ako genetické markery na hodnotenie rozmanitosti a hodnotenie genetických vzťahov v molekulárnej biológii. AFLP slúži ako účinná a citlivá metóda na detekciu genetického polymorfizmu medzi organizmami ako RFLP. Aj keď majú obidve tieto metódy rozdielnu účinnosť pri detekcii genetických variácií, stále sa používajú na snímanie odtlačkov prstov DNA a diagnostiku chorôb.
