Rozdiel Medzi Severným Južným A Západným Blotom

2024 Autor: Mildred Bawerman | [email protected]. Naposledy zmenené: 2023-12-16 08:42

Kľúčový rozdiel - severný vs južný vs západný prenos

Detekcia špecifických sekvencií DNA, RNA a proteínov je nevyhnutná pre rôzne typy štúdií v molekulárnej biológii. Gélová elektroforéza je technika, ktorá oddeľuje DNA, RNA a proteíny podľa ich veľkostí. Z gélových profilov sa konkrétna sekvencia DNA, sekvencia RNA alebo proteín detegujú špeciálnymi technikami nazývanými blotovanie a hybridizácia so značenými sondami. Existujú tri rôzne typy blotovacích metód, a to južný, severný a západný. Kľúčový rozdiel medzi severným južným a západným blotom spočíva v type molekuly, ktorú detekuje zo vzorky. Southern blot je metóda, ktorá detekuje špecifickú sekvenciu DNA zo vzorky DNA. Northern blot je technika, ktorá detekuje špecifickú sekvenciu RNA zo vzorky RNA. Western blot je metóda, ktorá detekuje špecifický proteín zo vzorky proteínu.

OBSAH

1. Prehľad a hlavný rozdiel

2. Čo je Southern Blot

3. Čo je Northern Blot

4. Čo je Western Blot

5. Porovnanie vedľa seba - Northern vs Southern vs Western Blot

6. Zhrnutie

Čo je Southern Blotting?

Technika Southern blotting bola vyvinutá spoločnosťou EM Southern v roku 1975 na identifikáciu špecifickej sekvencie DNA zo vzorky DNA. Toto je prvá blotovacia technika zavedená v molekulárnej biológii. Umožnil detekciu špecifických génov z DNA, špecifických fragmentov z DNA atď. Technika Southern blot zahŕňa niekoľko krokov. Sú nasledujúce.

1. DNA sa izoluje zo vzorky a štiepi sa reštrikčnými endonukleázami.
2. Natrávená vzorka sa oddelí elektroforézou na agarózovom géli.
3. Fragmenty DNA v géli sú denaturované do jedného vlákna pomocou alkalického roztoku.
4. Jednovláknová DNA sa prevedie na nitrocelulózovú filtračnú membránu kapilárnym prenosom.
5. Prenesená DNA je natrvalo fixovaná na membráne.
6. Fixovaná DNA na membráne je hybridizovaná so značenými sondami.
7. Nenaviazaná DNA sa premyje z membrány.
8. Röntgenový film je exponovaný na membránu a je pripravený autorádiograf.

Southern blot sa používa pre rôzne aspekty molekulárnej biológie. Je užitočný pri mapovaní RFLP, forenzných štúdiách, metylácii DNA v génovej expresii, detekcii mutovaných génov pri genetických poruchách, odtlačkoch prstov DNA atď.

Obrázok 01: Southern blotovacia technika

Čo je to Northern Blotting?

Northern blot je metóda určená na detekciu špecifickej sekvencie RNA alebo sekvencie mRNA zo vzorky na štúdium génovej expresie. Túto techniku vyvinuli Alwine, Kemp a Stark v roku 1979. Od techník sourthern a western blot sa líši vďaka niekoľkým krokom. Táto technika sa však tiež uskutočňuje gélovou elektroforézou, blotovaním a hybridizáciou so špecifickými značenými sondami a detekciou. Technika Northern blot sa vykonáva nasledovne.

1. RNA je extrahovaná zo vzorky a separovaná gélovou elektroforézou.
2. RNA sa prenesie z gélu na blotovaciu membránu a zafixuje sa.
3. Na membránu sa pôsobí značenou sondou pripravenou z cDNA alebo RNA (sonda je komplementárna so špecifickou sekvenciou vo vzorke).
4. Sonda sa inkubuje s membránou, aby sa viazala so špecifickou sekvenciou.
5. Neviazané sondy sa zmyjú.
6. Hybridizované fragmenty sa detegujú autorádiografom.

Northern blot je dôležitým nástrojom pri detekcii a kvantifikácii hybridizovanej mRNA, štúdiu degradácie RNA, hodnotení polčasu RNA, detekcii zostrihu RNA, štúdiu génovej expresie atď.

Obrázok 02: Northern blot

Čo je to Western Blotting?

Western blot je metóda detekcie špecifického proteínu z proteínovej zmesi pomocou značenej protilátky. Preto je western blot známy aj ako imunoblot. Túto techniku zaviedli Towbin a kol. V roku 1979 a teraz sa rutinne vykonáva v laboratóriách na analýzu proteínov. Kroky sú nasledovné.

1. Zo vzorky sa extrahujú bielkoviny
2. Proteíny sa separujú podľa veľkosti pomocou elektroforézy na polyakrylamidovom géli
3. Oddelené molekuly sa prenesú na PVDF membránu alebo nitrocelulózovú membránu elektroporáciou
4. Membrána je blokovaná kvôli nešpecifickej väzbe s protilátkami
5. Prenesené proteíny sa viažu s primárnou protilátkou (protilátky značené enzýmom).
6. Membrána sa premyje, aby sa odstránili nešpecificky viazané primárne protilátky
7. Naviazané protilátky sa detegujú pridaním substrátu a detekciou vytvorenej farebnej zrazeniny

Western blot je užitočný pri detekcii anti-HIV protilátok vo vzorke ľudského séra. Western blot sa môže použiť aj ako potvrdzujúci test na infekciu hepatitídou B a definitívny test na chorobu šialených kráv.

Obrázok 03: Western blot

Aký je rozdiel medzi severným južným a západným prenosom?

Rozdielny článok v strede pred tabuľkou

Severný vs južný vs západný prenos
Zistil sa typ molekuly
Northern Blotting	Northern blot detekuje špecifickú sekvenciu RNA zo vzorky RNA.
Southern blot	Southern blot detekuje špecifickú sekvenciu DNA zo vzorky DNA.
Western blot	Western blot detekuje špecifický proteín zo vzorky proteínu.
Typ gélu
Northern Blotting	Používa sa agarózový / formaldehydový gél.
Southern blot	Používa sa na to agarózový gél.
Western blot	Používa sa na to polyakrylamidový gél.
Metóda blokovania
Northern Blotting	Toto je kapilárny prenos.
Southern blot	Toto je kapilárny prenos.
Western blot	Toto je elektrický prenos.
Použité sondy
Northern Blotting	cDNA alebo RNA sondy značené rádioaktívne alebo neradioaktívne.
Southern blot	Sondy DNA sú značené rádioaktívne alebo nerádioaktívne.
Western blot	Ako sondy sa používajú primárne protilátky.
Detekčný systém
Northern Blotting	To sa deje pomocou autorádiografu alebo detekcie zmeny svetla alebo farby.
Southern blot	To sa deje pomocou autorádiografu, detekcie zmeny svetla alebo farby.
Western blot	To sa deje pomocou detekcie zmeny svetla alebo farby.

Zhrnutie - severný vs južný vs západný prenos

Blotovanie je špeciálna technika vyvinutá na identifikáciu špecifickej DNA, RNA alebo proteínu zo vzoriek. Existujú tri samostatné blotovacie postupy, a to severný, južný a západný, na detekciu konkrétneho typu molekuly. Technika Northern blot je navrhnutá na detekciu špecifickej sekvencie RNA zo zmesi RNA. Technika Southern blot umožňuje detekciu špecifickej sekvencie DNA zo vzorky DNA a je vyvinutá technika Western blot na identifikáciu špecifického proteínu zo zmesi proteínov.