Kľúčový rozdiel - genotypizácia vs. sekvenovanie
Genotypizácia a sekvenovanie sú dve techniky uskutočňované na získanie informácií o nukleových kyselinách, hlavne DNA organizmu. Kľúčovým rozdielom medzi genotypizáciou a sekvencovaním je, že genotypizácia je proces určovania toho, ktorý genetický variant má jedinec pomocou markerov, zatiaľ čo sekvenovanie je určovanie správneho poradia nukleotidovej sekvencie v danom fragmente DNA.
OBSAH
1. Prehľad a hlavný rozdiel
2. Čo je to genotypizácia
3. Čo je to sekvenovanie
4. Porovnanie vedľa seba - genotypovanie vs. sekvenovanie
5. Zhrnutie
Čo je to genotypizácia?
Genotypizácia je určenie genetickej výbavy jednotlivca pomocou sekvencie DNA a markerov a porovnanie a identifikácia jej dedičnosti. Genotypizácia je dôležitá v evolučnej biológii, populačnej biológii, taxonómii, ekológii a genetike organizmov. Môže sa vykonávať rôznymi technikami vrátane sekvenovania DNA, polymerázovej reťazovej reakcie, polymorfizmu dĺžky reštrikčných fragmentov (RFLP), náhodnej amplifikovanej polymorfnej detekcie, polymorfizmu amplifikovanej dĺžky fragmentov (AFLP), DNA čipov atď.
Genotypizácia zahŕňa sekvenovanie konkrétnych malých fragmentov sekvencií DNA a zistenie príbuznosti genetického zloženia s inými jedincami pomocou genetických markerov. Určuje jednonukleotidové polymorfizmy (SNP) medzi jednotlivcami alebo špecifickými alelami. Genotypizácia je použiteľná pre širokú škálu organizmov vrátane človeka. Je tiež použiteľný na mikroorganizmy, ako sú vírusy, huby atď., A je možné ich použiť na stanovenie ich genetických variantov pomocou referenčných profilov. V molekulárnej epidemiológii a forenznej mikrobiológii sa kontrola patogénov, najmä mikroorganizmov, vykonáva na základe informácií získaných z genotypizácie. Genotypovanie je pri analýze rodokmeňov veľmi dôležité. Ľudia majú genotyp, aby potvrdili materstvo a otcovstvo. Genotyp odhalí dominantné a recesívne alely génov, ktoré rozhodujú o konkrétnych vlastnostiach.
Obrázok_1: Genotypizácia RFLP
Čo je to sekvenovanie?
Sekvenovanie je proces určovania správneho poradia nukleotidov v danom fragmente DNA alebo RNA. Prakticky všetky informácie potrebné pre rast a vývoj organizmu sú zakódované v jeho genóme. Dostupnosť techník na výrobu a separáciu niekoľkých stoviek nukleotidových fragmentov nukleových kyselín viedla k vývoju postupov na stanovenie presnej nukleotidovej sekvencie daného fragmentu DNA alebo RNA. Dnes sú k dispozícii rôzne typy metód sekvenovania. Tieto sekvenčné metódy spolu s technológiami na stavbu knižníc genómu predstavujúcich celý genóm organizmu uľahčujú sekvenovanie celého genómu daného organizmu a umožňujú tak hĺbkovú analýzu génových štruktúr, funkcií génov, pozícií génov, expresie génov, génové mapovanie, regulačné oblasti génov atď.
Boli zoradené a zmapované celkové genómy mnohých vírusov, niekoľkých baktérií, archebaktérií, kvasiniek a niekoľkých ďalších organizmov. Projekt ľudského genómu umožnil sekvenovať a mapovať celý ľudský genóm a zverejniť jeho prvý koncept v roku 2003. Je to míľnik v pokroku biológie. Sekvencie ľudského genómu sa v súčasnosti používajú v lekárskom sektore na identifikáciu genetických príčin zriedkavých chorôb, skríning rizika chorôb u novorodencov, identifikáciu genetických detailov rôznych druhov rakoviny, vývoj nových terapeutík a vývoj nových diagnostických nástrojov atď.
Vo svete rastlín sa sekvenoval genóm ryže a genóm Arabidopsis. Znalosť týchto sekvencií nepochybne spôsobí revolúciu v našom chápaní fungovania buniek a organizmov.
Obrázok_2: Autorádiograf sekvenovania sangerov
Aký je rozdiel medzi genotypizáciou a sekvencovaním?
Rozdielny článok v strede pred tabuľkou
Genotypizácia vs. sekvenovanie |
|
| Genotypizácia je proces určovania genetického zloženia jednotlivca a kontroly skupiny alebo taxonómie tohto organizmu. | Sekvenovanie je proces určovania presného poradia nukleotidov daného fragmentu DNA alebo RNA. |
| Techniky | |
| RFLP, génové sekvenovanie, PCR, DNA mikročipy, AFLP atď. | Sangerovo sekvenovanie, Gilbertovo sekvenovanie, pyrosekvenovanie, sekvenovanie novej generácie, sekvenovanie brokovníc atď. |
| Hlavné obavy | |
| To sa týka skôr toho, či rozdiely v genotype vedú k skutočným rozdielom v fenotype. | Toto sa viac zaujíma o poradie nukleotidov, jeho rozdiely a zmeny s inými organizmami. |
Zhrnutie - genotypizácia vs. sekvenovanie
Genotypizácia a sekvenovanie sú užitočné na štúdium genetickej informácie organizmov. Genotypizácia je proces určovania variácií genotypov medzi jednotlivcami a hľadania ich kategórií. Sekvenovanie je proces určovania správneho poradia nukleotidov v zainteresovanom fragmente alebo oblasti DNA. Obidve techniky poskytujú dôležité informácie o génoch a genómoch.
