Kľúčovým rozdielom medzi mykoplazmou a chlamýdiami je, že mykoplazma je rod baktérií, ktorým chýba bunková stena, zatiaľ čo chlamýdie je rod baktérií, ktorý obsahuje gramnegatívne a obligátne parazity.
Druhy mykoplazmy sú najmenšie baktérie, ktoré boli doteraz objavené, s najmenšími genómami a minimálnym počtom vysoko esenciálnych organel. Mykoplazma je baktéria bez steny. Preto nemajú určitý tvar. Spravidla sú to guľovité až vláknité bunky. Naproti tomu chlamýdie sú rodom baktérií, ktoré majú bunkové steny. Sú to gramnegatívne baktérie. Mykoplazma aj chlamýdie spôsobujú pohlavné choroby. Okrem toho vyvolávajú podobné príznaky, ale dajú sa liečiť rôznymi antibiotikami.
