Kľúčovým rozdielom medzi bioreaktorom a fermentorom je typ biochemickej reakcie, ktorá prebieha vo vnútri uzavretých nádob. Bioreaktor podporuje všetky typy biochemických reakcií, ale fermentátor podporuje iba fermentáciu.
Aplikácia biotechnológie v priemysle je zaujímavou oblasťou vedy. Tieto aplikácie sa líšia od mikrobiálnych aplikácií po aplikácie na zvieratách. Okrem toho sa priemyselné využitie biotechnológií líši v hlavných oblastiach, ako je poľnohospodárstvo, medicína a rôzne priemyselné odvetvia. Bioreaktory sú uzavreté nádoby, v ktorých sú vytvorené potrebné podmienky na uľahčenie rôznych typov biochemických reakcií. Fermentory patria do skupiny bioreaktorov, ale hlavne je to iba fermentácia.
