Kľúčovým rozdielom medzi bakteriálnymi endospórami a spórami húb je bunková organizácia týchto dvoch typov spór. Bakteriálne endospóry sú spiace štruktúry prítomné v prokaryotických baktériách. Spóry plesní sú reprodukčné štruktúry prítomné v eukaryotických hubách.
V bakteriálnych bunkách sú prítomné bakteriálne endospóry a sú to spiace štruktúry, ktoré dokážu prežiť drsné podmienky prostredia. Následne tieto endospóry klíčia, keď sú splnené vhodné podmienky prostredia. Naproti tomu spóry húb sú exospóry, ktoré sa uvoľňujú do exteriéru na sporuláciu.
