Kľúčový rozdiel medzi štartovacím kodónom a stop kodónom je v tom, že počiatočný kodón je trinukleotidová sekvencia, ktorá označuje začiatok sekvencie, ktorá sa prekladá do proteínu, zatiaľ čo stop kodón je trinukleotidová sekvencia, ktorá označuje koniec sekvencie, ktorá sa prekladá do proteínu.
Genetický kód génu obsahuje inštrukcie potrebné na výrobu špecifického proteínu. Obsahuje trinukleotidové sekvencie, ktoré sú známe ako kodóny. Každý kodón špecifikuje aminokyselinu. Aminokyseliny sú stavebnou jednotkou proteínu. Genetický kód každého génu začína štartovacím kodónom a končí stop kodónom. Preto štartovací kodón označuje miesto, na ktorom začína translácia do proteínu. Stop kodón na druhej strane označuje miesto, na ktorom končí preklad do proteínu. Preto môžeme tieto dva kodóny identifikovať v genetickom kóde ako dva interpunkčné znamienka. Obidve sú špecifické trinukleotidové sekvencie.
