Kľúčovým rozdielom medzi CRISPR a CRISPR Cas9 je, že CRISPR (zoskupený pravidelne s medzipriestorom krátkeho palindromického opakovania) je prirodzene sa vyskytujúci prokaryotický imunitný obranný mechanizmus, zatiaľ čo CRISPR cas9 je nukleáza Cas9 vedená RNA, ktorá je súčasťou adaptívneho imunitného systému CRISPR.
CRISPR je antivírusový obranný imunitný systém, ktorý sa nachádza v baktériách a archeaách. Je to rodina sekvencií DNA nachádzajúcich sa v bakteriálnom genóme. Skladá sa z spacerových sekvencií, ktoré sú odvodené z fragmentov DNA bakteriofágov, ktoré ich predtým infikovali. Pri následných vírusových infekciách používajú baktérie tieto sekvencie na zničenie vírusovej DNA. Sekvencie CRISPR majú krátke palindromické opakovania a spacerové sekvencie. Okrem toho majú CRISPR opakovacie spacerové sekvencie často spojené gény, ktoré kódujú proteíny Cas. Cas9 je RNA riadená endonukleáza. Spolu so sekvenciami CRISPR pôsobí proteín Cas9 ako adaptívny imunitný systém v baktériách proti bakteriofágom.
