Kľúčovým rozdielom medzi diferenciáciou a morfogenézou je, že diferenciácia popisuje, ako sa bunky špecializujú na vykonávanie jedinečných funkcií, zatiaľ čo morfogenéza popisuje vývoj foriem živých organizmov.
Mnohobunkové organizmy začínajú svoj život z jednej bunky, buď tvoria sporu alebo zygotu. Preto sú bunková diferenciácia a morfogenéza dva odlišné a hlavné procesy, ktoré sa vyskytujú počas vývoja mnohobunkového organizmu. Diferenciácia je proces formovania rôznych špecializovaných typov buniek. Vedie k dozrievaniu buniek a tkanív, ktoré vykonávajú pre organizmus špecifické funkcie. Na druhej strane morfogenéza je proces vývoja rôznych foriem živých organizmov. Určuje tvar buniek, tkanív, orgánov alebo organizmov.
