Kľúčový rozdiel medzi ubichinónmi a cytochrómami spočíva v tom, že ubichinóny (CoQ) nie sú bielkoviny, zatiaľ čo cytochrómy sú bielkoviny.
Elektrónový transportný reťazec je konečnou fázou aeróbneho dýchania. Preto sa vyskytuje vo vnútornej membráne mitochondrií. Skladá sa navyše z nosičov elektrónov, ktoré uľahčujú produkciu protónového gradientu cez membránu. Okrem NAD a flavoproteínov sú ubichinóny a cytochrómy dva typy elektrónových nosičov zapojených do reťazca transportu elektrónov. Ubichinóny sú hydrofóbne organické molekuly nerozpustné v tukoch neproteínových lipidov, zatiaľ čo cytochrómy sú proteíny obsahujúce železo.
