Kľúčový rozdiel medzi patofyziológiou a patogenézou je v tom, že patofyziológia vysvetľuje stavy, ktoré sa typicky pozorujú počas chorobného stavu, ako aj procesy alebo mechanizmy fungujúce v organizme, zatiaľ čo patogenéza vysvetľuje pôvod a vývoj choroby a či je choroba akútna, chronická alebo opakujúca sa.
Patofyziológia a patogenéza sú dva podobné výrazy, ktoré sa používajú na vysvetlenie výskytu choroby a súvisiacich mechanizmov a charakteristík. Patofyziológia sa týka stavov pozorovaných počas chorobného stavu a procesov prebiehajúcich v organizme. Patogenéza sa zameriava hlavne na vznik a vývoj choroby. Obidve štúdie sú dôležité pri diagnostike choroby a prevencii jej šírenia.
